8 вересня 2006 року в ІКНІ відбувся круглий стіл за участі провідних науковців Інституту, на якому було обговорено «Концепцію розвитку наукової сфери України». У результаті обговорення було сформульовано ряд зауважень щодо її змісту.
1. Пропонована концепція не має цілісного характеру, фактично складається з кількох фрагментів, кожен з яких орієнтований на вирішення окремих часткових, часто другорядних задач.
2. У концепції недостатньо відображено інтереси та потреби «споживача» наукових досліджень, що призводить до відірваності концепції від реальних задач, що постають перед суспільством.
3. Пропонована в концепції система присвоєння наукового ступеня «атестований доктор наук» за науковий здобуток (без захисту дисертаційної роботи) є недосконалою, зокрема породжує перешкоди на шляху отримання даного наукового ступеня молодим науковцям, а також зумовлює небезпеку необ’єктивності при присуджені наукового ступеня.
4. Неприпустимим є делегування ряду освітньо-методичних функцій НАН України, зокрема – експертизи навчальних посібників та робочих програм.
5. Впровадження концепції у життя сприятиме створенню додаткових бюрократичних структур із слабо визначеними функціями та надмірними регуляторними повноваженнями. Зокрема, практично не визначено задачі, підпорядкування та засади діяльності Національного Наукового Фонду, в якому пропонується зосередити 30% державного фінансування наукових досліджень.
6. У концепції практично не відображено проблеми та перспективи розвитку науки у недержавних навчальних закладах та у приватному секторі економіки.
7. Викликає сумнів зміст проекту указу «Про комерціалізацію об’єктів права інтелектуальної власності….», зокрема виникає небезпека обмеження можливості вільного та критичного обговорення наукових результатів.
8. У концепції недостатньо відображена роль МОН України у формуванні загальних засад розвитку науки в Україні, фактично НАН України стає «міністерством науки».
9. У концепції не відображено актуальні задачі побудови відкритого наукового інформаційного поля України, та впровадження сучасних інформаційних технологій в діяльності наукових установ України.